ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงชายฝั่งสตูล เป็นชื่อตามโครงสร้างกรมประมง ปี พ.ศ. 2545 ซึ่งอยู่ภายใต้สำนักวิจัยและพัฒนาประมงชายฝั่ง กรมประมง ชื่อเดิมคือ ศูนย์พัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งสตูล สังกัดกองเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง และก่อนที่ปรับโครงสร้างเป็นศูนย์ เดิมเป็นสถานีประมงน้ำกร่อยจังหวัดสตูล สังกัดกองประมงน้ำกร่อย กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ก่อตั้งเมื่อปี 2521 บนพื้นที่ 1053-0-06 ไร่ ตามรายงานการปกครองและใช้ที่ราชพัสดุ ที่ กษ 0521/สต 1180 ลงวันที่ 28 ธันวาคม 2542 ตั้งอยู่หมู่ที่ 4 ตำบลปากน้ำ อำเภอละงู จังหวัดสตูล โดยอยู่ห่างจากตัวจังหวัดสตูลไปทางจังหวัดตรังเป็นระยะทางประมาณ 55 กิโลเมตร ปัจจุบันมีพื้นที่ 856-2-0 ไร่ เนื่องจากได้แบ่งพื้นที่ส่วนหนึ่งให้กับสำนักงานศึกษาธิการอำเภอละงู ก่อสร้างกีฬาประจำอำเภอ และมอบให้สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ก่อสร้างสถานีอนามัยตำบลปากน้ำ รวมทั้งมอบให้มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตหาดใหญ่ จัดตั้งศูนย์วิจัยและพัฒนาทางวาริชศาสตร์ คณะทรัพยากรธรรมชาติ
     ศูนยฯ์ ยังมีหน่วยวิจัยย่อยการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งเกาะเขาใหญ่ ตั้งอยู่ที่บริเวณเกาะเขาใหญ่ หมู่ที่ 2 บ้านปากบารา ตำบลปากน้ำ อำเภอละงู จังหวัดสตูล ซึ่งบริเวณที่ตั้งหน่วยฯ กำหนดเป็นประเภทที่รักษาพืชพันธุ์เนื้อที่ประมาณ 300 ไร่ มีระยะทางจากท่าเทียบเรือปากบารา ถึงที่ตั้งของหน่วยฯประมาณ 3. 5 กิโลเมตร ซึ่งเดิมเป็นหน่วยเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์เพื่อรองรับงานผลิตและขยายพันธุ์สัตว์น้ำ แต่ปัจจุบันมีการขยายงานเพิ่มขึ้นเป็นหน่วยวิจัยย่อยการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งเกาะเขาใหญ่ ซึ่งมีกิจกรรมหลักเป็นแหล่งเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์สัตว์น้ำ และกิจกรรมต่างๆ ในการศึกษาค้นคว้า ทดลอง และวิจัยทางด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง      นอกจากนี้ในปัจจุบันตามโครงสร้างกรมประมงใหม่ ศูนย์ฯ ยังมีสถานีวิจัย และพัฒนาประมงชายฝั่งในส้งกัดอีก 1 สถานี คือสถานีเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งตรัง ซึ่งตั้งอยู่ที่ หมู่ที่ 4 ตำบลไม้ฝาด อำเภอสิเกา จังหวัดตรัง